- พ.ศ. 2544 กรมศิลปากรประกาศขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน

-พ.ศ. 2552 สำนักศิลปากรที่ 15 ภูเก็ต ได้รับแจ้งจากเจ้าอาวาสวัดปทุมธาราราม ว่าได้พบโบราณวัตถุภายในบริเวณวัดเป็นจำนวนมากเมื่อเข้ามาสำรวจและขุดค้นทางโบราณคดีในพื้นที่พบหลักฐานประเภทเศษภาชนะดินเผาทั้งเศษภาชนะดินเผาพื้นเมืองแบบเนื้อดินหยาบและขนาดใหญ่และเศษภาชนะดินเผาแบบนำเข้าที่เนื้อดินละเอียดมีขนาดเล็กบางมีการตกแต่งด้วยลายฟันเฟืองจำนวนหนึ่งชิ้นชิ้น ชิ้นส่วนขาของภาชนะดินเผา และหลักฐานประเภทลูกปัด ได้แก่ ลูกปัดแก้วแบบอินโดแปซิฟิก ลูกปัดหินคาร์เนเลี่ยน อเมทิส หินควอตส์ และพลอยหุง ลูกปัดทองคำทรงหกเหลี่ยมและทรงกลวยฐานประกบขนาดเล็ก ลูกปัดไม่ทราบวัสดุทรงสี่เหลี่ยมขนาดเล็กมาก ทั้งพบและไม่พบร่องรอยการเจาะรู ชิ้นส่วนเครื่องประดับลักษณะคล้ายปิ่นปักผมไม่ทราบว่าวัสดุเคลือบสีเขียวและมีการขูดขีดลวดลาย ก้อนแก้วและเศษแก้ว โลหะหรือเครื่องมือเหล็กคล้ายใบมีด ดินเผาไฟและถ่าน เมล็ดพืช

          แหล่งโบราณคดีวัดปทุมธาราราม อ.กะเปอร์ จ.ระนอง แหล่งนี้อยู่ห่างจากแหล่งโบราณคดีในหยานไปทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือ 25 กิโลเมตร สภาพแหล่งเป็นพื้นที่ราบติดกับแม่น้ำราชกรูด เหตุที่มีการค้นพบโบราณวัตถุเนื่องจากทางวัดขุดสร้างฐานรากของเมรุ ขนาดของแหล่งโบราณคดีนี้ประมาณ 0.319 เฮกตาร์ โดยสภาพของพื้นที่แล้วมีความเหมาะสมต่อการตั้งถิ่นฐาน เพราะพื้นที่โดยรวมเป็นพื้นที่ราบใกล้กับภูเขา และมีน้ำจืดอุดสมบูรณ์

          โบราณวัตถุที่พบที่แหล่งโบราณคดีนี้คล้ายกันกับเขาสามแก้ว และภูเขาทอง ประกอบด้วยลูกปัดชนิดต่างๆ พบมากคือลูกปัดอินโดแปซิฟิก ลูกปัดเลียนแบบหินอะเกต (imitated agate) มีทั้งรูปทรงกระบอกยาวและกลมแบน (ชาวบ้านเรียกตากบ) ลูกปัดหินทั้งหินคาร์เนเลียน อเมทิสต์ คริสตัล (ควอทซ์) ลูกปัดและเครื่องประดับทองคำ จากการขุดค้นทางโบราณคดีโดยสำนักศิลปากรที่ 15 ภูเก็ตได้พบลูกปัดจำนวน 292 เม็ด นอกจากนี้ยังพบเครื่องมือเหล็ก และเศษภาชนะดินเผาเนื้อดินแบบพื้นเมือง และภาชนะดินเผาจากอินเดียใต้ประเภทกดลายฟันเฟือง (rouletted ware) อีกด้วย (กรมศิลปากร 2553) จากรายงานการขุดค้นของกรมศิลปากรพบว่า ไม่พบลูกปัดที่อยู่ในขั้นตอนการผลิตที่แหล่งโบราณคดีนี้แสดงว่าเป็นแหล่งที่ใช้ลูกปัดเป็นหลัก

วัดปทุมธารารามเป็นแหล่งท่องเที่ยว และเป็นพุทธศาสนสถานที่สำคัญในพื้นที่อำเภอกะเปอร์ ฝั่งตะวันตกของวัดที่ติดกับคลองบางปรุเป็น “วังมัจฉา” สำหรับให้พุทธศาสนิกชนและนักท่องเที่ยวได้ทำบุญให้อาหารปลา ทางด้านการศึกษา วัดได้เปิดสอนปริยัติธรรม มาตั้งแต่ พ.ศ.2510 และยังจัดสถานที่อ่านหนังสือพิมพ์ให้ประชาชนอีกด้วย ส่วนโบราณสถานสำคัญภายในวัด คือ อุโบสถและเจดีย์ ยังขาดการดูแล [ฐานข้อมูลแหล่งโบราณคดีที่สำคัญในประเทศไทย, ศูนย์มานุายวิทยาสิรินธร (องค์การมหาชน)]

เชาวณา ไข่แก้ว. รายงานการขุดค้นเบื้องต้นแหล่งโบราณคดีกะเปอร์ (วัดปทุมธาราราม) ตำบลกะเปอร์ อำเภอกะเปอร์ จังหวัดระนอง พ.ศ. 2552. สำนักศิลปากรที่ 15 ภูเก็ต. 2552 (อัดสำเนา)

กรมศิลปากร. รายงานการขุดค้นแหล่งโบราณคดีวัดปทุมธาราราม อ.กะเปอร์ จ.ระนอง. ภูเก็ต: สำนักศิลปากรที่ 15 ภูเก็ต, 2553. (เอกสารอัดสำเนา)

เชาวณา ไข่แก้ว. “การศึกษาเส้นทางข้ามคาบสมุทรไทยตอนบน. ”วิทยานิพนธ์ปริญญาศิลปศาสตรมหาบัณฑิต (โบราณคดีสมัยประวัติศาสตร์) ภาควิชาโบราณคดี บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยศิลปากร, 2554.