- ค.ศ.1973 (พ.ศ.2516): ภายหลังประชาชนภายในพื้นที่พบโครงกระดูกจึงได้แจ้งกรมศิลปากร และได้รับการสำรวจครั้งแรกโดย หน่วยศิลปากรที่ 5 ฉะเชิงเทรา (ในขณะนั้น) 

- ค.ศ.1978 (พ.ศ.2521): ได้รับการสำรวจเป็นครั้งที่ 2 โดยหน่วยศิลปากรที่ 5 ฉะเชิงเทรา (ในขณะนั้น) และคณะสำรวจอื่น ๆ 

- ค.ศ.1979 (พ.ศ.2522): ได้รับการขุดค้นครั้งแรกโดย ดำรงเกียรติ นกสกุล

- ค.ศ.1982 (พ.ศ.2525): โครงการโบราณคดีประเทศไทย (ภาคกลาง) กองโบราณคดี กรมศิลปากร ได้ทำการขุดค้นอีกครั้ง

- ค.ศ.1984 (พ.ศ.2527): ได้รับการขึ้นทะเบียนโบราณสถานโดยกรมศิลปากร ในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 101 ตอนที่ 125 ณ วันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2527

- ค.ศ.1984-1985 (พ.ศ.2527-2528): กรมศิลปากร ร่วมกับมหาวิทยาลัยโอทาโก ประเทศนิวซีแลนด์ ได้ทำการขุดค้นที่แหล่งโบราณคดีโคกพนมดีอีกครั้ง

โคกพนมดีเป็นแหล่งฝังศพขนาดใหญ่ มีชั้นวัฒนธรรมจำนวน 11 ชั้น ประกอบด้วยโครงกระดูกมนุษย์กว่า 152 โครง แสดงถึงการอยู่อาศัยต่อเนื่องหลายยุคสมัย รวมทั้งพบโบราณวัตถุหลายประเภท เช่น เศษภาชนะดินเผา หินดุ ฉมวก เบ็ดตกปลาที่ทำจากกระดูกสัตว์ ขวานหินขัด เครื่องประดับที่ทำจากกระดูกสันหลังปลา ลูกปัด หอยมือเสือ กำไลหิน รวมทั้งพบเมล็ดข้าวและกระดูกสัตว์ ที่แสดงให้เห็นถึงการดำรงชีพของคนในพื้นที่โคกพนมดีว่าเริ่มทำการเกษตรกรรมขึ้นแล้ว นอกจากนั้นยังพบโครงกระดูกที่มีของอุทิศเป็นสร้อยทำจากกระดูกสัตว์จำนวนมาก จนได้ชื่อว่า "เจ้าแม่โคกพนมดี"

ปัจจุบันยังไม่เปิดให้เข้าชมพิพิธภัณฑ์กลางแจ้ง (Site Museum)

กรมศิลปากร กองโบราณคดี. ผลการวิเคราะห์โครงกระดูกมนุษย์ที่แหล่งโบราณคดีโคกพนมดี จ.ชลบุรี.  กรุงเทพฯ: กรมศิลปากร. 2534.