- ค.ศ.2000-2001 (พ.ศ.2543-2544) ได้รับการขุดค้นโดยสำนักงานโบราณคดีและพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติที่ 10 สงขลา

แหล่งโบราณคดีถ้ำเขาคูหาเป็นเขาหินกรวดมนและหินทรายมีต้นไม้ปกคลุมอยู่ทั่วไปทางด้านตะวันออกของเขาคูหาประกอบด้วยถ้ำจำนวน 2 ถ้ำ วางตัวตามแนวทิศเหนือ - ใต้ ปากถ้ำหันไปทางทิศตะวันออก บริเวณลานหน้าถ้ำมีต้นไม้และวัชพืชขึ้นปกคลุมอยู่โดยทั่วไป โดยถ้ำทั้งสองมีความพิเศษคือ เป็นถ้ำที่ถูกขุดเข้าไปภายในถ้ำโดยฝีมือของมนุษย์ และดัดแปลงพื้นที่สำหรับใช้ประกอบพิธีกรรมทางศาสนาพราหมณ์

สำหรับถ้ำที่ 1 หรือถ้ำทางทิศเหนือ ปากถ้ำมีร่องรอยของการเจาะหินสำหรับใส่คานประตู เดิมอาจทำด้วยไม้หรือหินแต่ปัจจุบันได้สูญหายไปหมดแล้ว ภายในพื้นหินไม่เรียบเสมอกัน ด้านสกัดของถ้ำเจาะเป็นช่องหินรูปโค้งมน กว้างประมาณ 1 เมตร ถูกสันนิษฐานไว้ว่าเดิมเป็นที่ตั้งของประติมากรรมรูปเคารพของศาสนาพราหมณ์ ทางด้านซ้ายมีผนังถ้ำเจาะเป็นร่องไหลจากช่องหินด้านบนเลียบผนังไปออกยังบริเวณปากถ้ำที่มีรูหรืออ่างกลมด้านนอกเป็นช่องทางน้ำไหลออกยังภายนอก 

สำหรับถ้ำที่ 2 หรือถ้ำทางทิศใต้ตั้งอยู่ห่างจากถ้ำทางทิศเหนือออกมาประมาณ 10.40 เมตรขนาดของถ้ำที่ 2 มีขนาดเล็กกว่าถ้ำที่ 1 ภายในด้านสกัดของถ้ำเจาะเป็นหินโค้งมรเช่นเดียวกับถ้ำที่ 1 ร่องน้ำอยู่ทางด้านซ้ายของถ้ำที่ต่างจากถ้ำที่ 1 คือฐานด้านใต้ของช่องหินของถ้ำนที่ 2 มีรอยรูปวงกลมเขียนด้วยสีแดง 3 วงไม่สามารถลบออกได้ด้วยน้ำ ถูกสันนิษฐานไว้ว่าเป็นสัญลักษณ์ “โอม” ที่เป็นตัวอักษรรูปแบบหนึ่งของอักษรทมิฬ แม้ว่าตัวสัญลักษณ์ดังกล่าวมีความคล้ายคลึงแต่ไม่เหมือนทั้งหมดโดยสิ้นเชิง

หลักฐานทางโบราณคดี:

1. กระเบื้องเกล็ดเต่าพบจำนวน 3,147 ชิ้น กระจายอยู่ด้านหน้าของถ้ำอยู่ในสภาพชำรุด โดยพบกระเบื้องเกล็ดเต่า 2 ขนาดคือ ขนาดกว้าง 15 เซนติเมตร ยาว 23 เซนติเมตร
หนา 1 เซนติเมตร และ ขนาดกว้าง 11 เซนติเมตร ยาว 8 เซนติเมตร หนา 8 มิลลิเมตร โดยการพบกระเบื้องเกล็ดเต่า 2 ขนาดได้ถูกสันนิษฐานไว้โดย ศิริพร ว่าหลักคาของอาคารหน้าถ้ำเป็นหลังคาลดชั้น 2 ชั้นที่ใช้กระเบื้องเกล็ดเต่าขนาดต่างกันในการมุงหลังคาแต่ละชั้น เนื่องด้วยการมุงหลังคา และการซ่อมแซมจำเป็นต้องใช้กระเบื้องขนาดเดียวกันเสมอ

2. กระเบื้องสันหลังคามีลักษณะเป็นกระเบื้องแผ่นเรียบตรงกลางกว้างประมาณ 7 เซนติเมตร หนาประมาณ 1 เซนติเมตร ขอบทั้ง 2 ข้างยื่นเฉียงออกมา ถูกสันนิษฐานไว้ว่าอาจเป็นมุงส่วนสันหลังคาบนสุด พบจำนวน 6 ชิ้น

3 .อิฐที่ถูกพบมีสภาพค่อนข้างสมบูรณ์และแตกเป็นชิ้นเล็ก ๆ มีสีส้มออกแดง เป็นการเผาด้วยอุณหภูมิต่ำ มีรูพรุนมากน้ำซึมได้ง่ายมีส่วนผสมของแกลบค่อนข้างมาก อิฐที่สมบูรณ์มีขนาดกว้างประมาณ 18 เซนติเมตร ยาวประมาณ 40 เซนติเมตร หนาประมาณ 8 เซนติเมตร

4. ประติมากรรมพระวิษณุอยู่ในสภาพถูกทำลาย พบชิ้นส่วนเพียง 4 ชิ้นที่สามารถนำมาต่อกันได้ตั้งแต่ส่วนพระอุระจนถึงบั้นพระองค์ มีขนาดความสูง 70 เซนติเมตร ศิริพร ได้สันนิษฐานไว้ว่าประติมากรรมดังกล่าวเป็น ประติมากรรมพระวิษณุจตุรภุชหรือพระวิษณุสี่กร ที่มักพบในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ กำหนดอายุได้ราวพุทธศตวรรษที่ 12 – 14

5. ชิ้นส่วนศิวลึงค์อยู่ในลักษณะชำรุดเช่นเดียวกับประติมากรรมพระวิษณุ โดยเหลือเพียงส่วนบนที่เรียกว่า “รุทรภาค" มีร่องรอยการตัดผ่าศิวลึงค์อย่างตั้งใจ ลักษณะของศิวลึงค์เป็นลักษณะโดยทั่วไปบนคาบสมุทรภาคใต้ของประเทศไทย สามารถกำหนดอายุได้ราวปลาย
พุทธศตวรรษที่ 10 ถึงต้นพุทธศตวรรษที่ 11

6. เศษภาชนะดินเผาจากแหล่งเตาในพื้นที่ประเทศไทยเป็นเนื้อดินทั้งหมด ลักษณะเนื้อดินสีส้ม สีเทา และสีนวล ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการขุด ขูดขีด เคลือบใส รมควัน และกดประทับเป็นลวดลายต่าง ๆ เช่น ลายก้างปลา ลายรูปสี่เหลี่ยมข้าวหลามตัด เป็นต้น โดยเศษภาชนะเหล่านี้ถูกสันนิษฐานไว้ว่ามาจากแหล่งเตาพื้นเมืองเป็นส่วนใหญ่ และบางส่วนอาจผลิตจากเตาที่แหล่งโบราณคดีปะโอ เช่น ชิ้นส่วนคนโทที่สามารถใช้กำหนดอายุได้ราวพุทธศตวรรษที่ 16 – 18

7. เศษภาชนะดินเผาจากแหล่งเตานอกพื้นที่ประเทศไทยที่พบมักเป็นเครื่องถ้วยจีนเป็นส่วนใหญ่ มีการพบเครื่องถ้วยญี่ปุ่น (เครื่องถ้วยอิมาริ) และเศษเครื่องถ้วยยุโรป(V.O.C. Ware) เพียง 1 ชิ้น เท่านั้น ในส่วนของเครื่องถ้วยจีนที่พบจากการขุดค้นสามารถกำหนดอายุได้ดังนี้

          - เครื่องถ้วยสมัยราชวงศ์ถัง (ราวพุทธศตวรรษที่ 12 – 15) พบเฉพาะประเภทเนื้อแกร่ง(Stone Ware) เท่านั้น ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการเคลือบใส เคลือบสีเขียว และเคลือบสีน้ำตาล เป็นต้น

          - เครื่องถ้วยสมัยราชวงศ์ซ่ง (ราวพุทธสตวรรษที่ 16 – 19) พบทั้งประเภทเนื้อแกร่ง(Stoneware)  และเนื้อกระเบื้อง(Porcelain) บางชิ้นสามารถระบุได้ว่ามาจากแหล่งเตาหลงฉวนทางตอนใต้ของประเทศจีนในปัจจุบัน ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการเซาะร่องแล้วเคลือบสีเขียว และเคลือบสีขาว เป็นต้น

          - เครื่องถ้วยสมัยราชวงศ์หยวน (ราวพุทธศตวรรษที่ 19 – 20) พบทั้งประเภทเนื้อแกร่ง(Stoneware)  และเนื้อกระเบื้อง(Porcelain) ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการเขียนสีน้ำเงินใต้เคลือบสีขาว และเคลือบสีเขียวเป็นต้น

          - เครื่องถ้วยสมัยราชวงศ์หมิง (ราวพุทธศตวรรษที่ 20 – 22) พบเฉพาะ
เนื้อกระเบื้อง(Porcelain) เท่านั้น ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการเขียนสีน้ำเงินใต้เคลือบสีขาว เคลือบใส เคลือบสีน้ำตาล และเคลือบสีเขียวเป็นต้น

          - เครื่องถ้วยสมัยราชวงศ์ชิง (ราวพุทธศตวรรษที่ 22 – 25) พบทั้งประเภทเนื้อแกร่ง(Stoneware)  และเนื้อกระเบื้อง(Porcelain) ตกแต่งผิวภาชนะด้วยการเขียนสีเขียวแก่ใต้เคลือบสีเขียวอ่อน เคลือบสีเทา เคลือบใส เคลือบสีน้ำตาล และเขียนสีน้ำเงินใต้เคลือบขาว เป็นต้น

การสันนิษฐานเบื้องต้น: แหล่งโบราณคดีเขาคูหาถูกสันนิษฐานไว้ว่าถูกสร้างขึ้นด้วยความต้องการใช้พื้นที่เพื่อทำกิจกรรมทางศาสนาพราหมณ์ และถูกใช้งานราวพุทธศตวรรษที่ 12 – 14 และถูกใช้งานต่อเนื่องจนกระทั่งราวพุทธศตวรรษที่ 20 – 22 ช่วงที่มีการเข้าปล้นของสลัดมุสลิมจากปลายแหลมคาบสมุทร แหล่งโบราณคดีดังกล่าวจึงได้ถูกทำลาย จากการพบชิ้นส่วนทั้งประติมากรรมพระวิษณุ และศิวลึงค์ที่ถูกทำลายลง