- ค.ศ.2003 (พ.ศ.2546): พบแหล่งโบราณคดีจากการปรับหน้าดินเพื่อการทำเกษตรกรรม โดยเป็นพื้นที่ของคุณวิมล อุบล และสำนักศิลปากรที่ 2 สุพรรณบุรีเข้าตรวจสอบและพบหม้อสามขาที่เชื่อมโยงกับแหล่งโบราณคดีบ้านเก่า จังหวัดกาญจนบุรี

- ค.ศ.2003-2004 (พ.ศ.2546-2547): เริ่มดำเนินการขุดค้นทางโบราณคดีสำหรับแหล่งโบราณคดีหนองราชวัตรเป็นครั้งแรก

- ค.ศ.2008 (พ.ศ.2551): ดำเนินการขุดค้นทางโบราณคดีเป็นครั้งที่ 2

- ค.ศ.2008-2009 (พ.ศ.2551-2552): ดำเนินการขุดค้นทางโบราณคดีเป็นครั้งที่ 3

จากการขุดค้นทางโบราณคดีได้มีข้อสันนิษฐานว่าพื้นที่ของแหล่งโบราณคดีหนองราชวัตรสามารถจัดลำดับชั้นวัฒนธรรมได้ 2 สมัยโดยเป็นการหาค่าอายุโดยวิธีทางวิทยาศาสตร์ (AMS Dating)จากตัวอย่างเปลือกหอย และถ่านไม้ที่พบจากการขุดค้นทางโบราณคดีโดยมีรายละเอียดดังนี้

1. ชั้นวัฒนธรรมสมัยแรกมีอายุราว 4,100 - 3,800 ปีมาแล้ว 

2. ชั้นวัฒนธรรมสมัยที่สองมีอายุราว 3,700 - 3,500 ปีมาแล้ว

แหล่งโบราณคดีหนองราชวัตรถูกจัดให้เป็นแหล่งโบราณคดีสมัยหินใหม่ และมีความสัมพันธ์กับแหล่งโบราณคดีใน "วัฒนธรรมบ้านเก่า" รวมทั้งข้อมูลจากการขุดค้นและหลักฐานที่พบแสดงให้เห็นว่ามีการเพาะปลูกข้าวมาตั้งแต่การอยู่อาศัยสมัยแรก รวมทั้งมีการล่าสัตว์จำพวกควาย กระทิง และกวางเป็นอาหาร

กรมศิลปากร. โบราณคดีของสังคมเกษตรกรรมจากบ้านเก่าถึงหนองราชวัตร. ปราจีนบุรี: ธุรการเจริญกิจ. 2556.